mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCGACCTGGGGGTCGAGTG CTCGACCAGGGGGTCGAGTG GTTATGAGACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTGAGGTGAAGTGGTGAAGTCCTCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTCTGTTGAGGTCGTGAAGCATCTACTCGACCTGGGGGTCGAGTGGTTTGAC 4 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 1e-19 100 -55.3 ((((.(..((((((((...(((((((((((....((....(..(((..((..((((((((((....))))))))))......))..)))..).))..)))))))))))...))))))))..).)))) (-55.30)