mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCGACCTGGGGGTCGAGTGGT ACTCGACCTCGGGGTCGAGTGAA GAAGACACTCGACCTCGGGGTCGAGTGAAGTGAACGAGTGATTGTTAGGTGGTAGAGGTGAAGACACTCGACCAGGGGGACGAGTGATGAGATGAAATCGAGAAGTCCCCTACTCGACCTGGGGGTCGAGTGGTCTTT 2 1 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 6e-16 100 -69.5 ((((((((((((((((.(((((((((......(((((....)))))...((((.(((((....)).))).)))).((((((...((((........))))....)))))).))))))))).)))))))))).)))))) (-69.50)