mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCGACCTTGGGGTCGAGTG CTCGACTTCCAGGTAGAGTGGT TACTCGACTTCCAGGTAGAGTGGTGTGATCGAGTGATGATCAGGTAATGGAGGTGAAGACACTCGACCTCGGGGTCGAGTGAAGTGAACGAGTGATTGTTAGGTGGTAGAGGTGAAGACACTCGACCAGGGGGACGAGTGATGAGATGAAATCGAGAAGTCCCCTACTCGACCTGGGGGTCGAGTGGTCTTTGAAGGTCTTGAAGCTTCTACTCGACCTTGGGGTCGAGTG 2 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.000000000000001 100 -105.7 (((((((((((.((((.((((((.((..(((((......(((.....)))....((((((((((((((((.(((((((((......(((((....)))))...((((.(((((....)).))).)))).((((((...((((........))))....)))))).))))))))).)))))))))).))))))......))))).))..)))))).)))).))))))))))) (-105.70)