mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCATCGGTGACGGGCTTTA TAGCCCTTCACTGATGATGGT AATGGAAAAATACTCATCGGTGACGGGCTTTAATTAATGCCCGATAGAGATTAAGTTATCTCAATCGGGCATTAGTATATAGCCCTTCACTGATGATGGTCATCTGTG TTTGTTGTTGATGACTTTTTCAATTGAAATCATTTAGTATTTGAAAATGTTGTCTGAAGGTGTCATATTTTCCAATTCAAATTCAAACTGTTTAAAAAAATGTTATATAGAAAAATGACCAAACTAAAAGTTGTAAATCTTGATAAGTTATATAACTTTGTTGTTGACATTTTTTCCATTTGAAATCATTTACTACCCGTAAAATTATTTTGACTCATAAAATAAATTATTATACTGCACTTAATTATTTTGCTATAGTTAAACTTACAATATTAAACATTTCATATGAAAAATGGAAAAATACTCATCGGTGACGGGCTTTAATTAATGCCCGATAGAGATTAAGTTATCTCAATCGGGCATTAGTATATAGCCCTTCACTGATGATGGTCATCTGTGACGGGCCC 4 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR821 4e-16 100 -48.9 .(((((...((..((((((((((.(((((.(((((((((((((((.(((((......))))).))))))))))))).)).))))).))))))))))..))..))))). (-48.9)