mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATACTCGACCATGGGGTCGAGTGGTG GTACTCGACCAAGGGGTCGAGTGGTGT GTGTGATGGAGGTACTCGACCAAGGGGTCGAGTGGTGTGATCGAGTGATGGTCAGGTGGTGGAGATGAAGATACTCGACCATGGGGTCGAGTGGTGGTGTGATGT 8 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.00000009 100 -37.1 ..((.(((..(.(((((((((....(((((((((...(.(((...(.((.(.....).)).).))).)...)))))))))....))))))))).)..))).)).. (-37.10)