mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGAGTATGCAGTCGAGTGGTG GTACTCGACCCACGTGGTCGAGT GAACAGTACTCGACCCACGTGGTCGAGTGAATAGCTGGAGTCTTCTTATCTTCCTTGTGCTCGTGTGTCTGGTTGAGTGCGGAATGAAGAAGGCTCTGAAGCTTGTCATCGAGTATGCAGTCGAGTGGTGTC 4 1 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -57.1 ..(((.((((((((...((((.((((.(((..(((((((((((((((...((((..(..((((..........))))..)))))..)))))))))))..))))..))))))).))))..)))))))).))). (-57.10)