mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGACGGTGGACACGATGGTG CCATCGCCGCCACCGGGGTG CCATCTCCGCCACCATCGCCGCCACCGGGGTGAGCTTGCTGACGGTGGACACGATGGTGCCGGGGATG GTGAATCCTCACTGTACAAACGTTTTATCTCCTCACTATCCTGTGCCTGCTGCCTTCTCTTCTCATCTGCTTGCAGCAGCGGTAGACAGAGTGCAGCTCAGCAGCAGAAGAAAATGGTTGCTGCCGGAGGAGGTCATGGTGGTGGCGCCGACGACGGCATGGTTGTCGACTACCGGGGTACCCCGGTGGACAAGTCCAAGACCGGGGGATGGCTCGGCGCCGGGCTTATCCTAGGGACGGAGCTGGCGGAGCGGGTGTGCGTGATGGGCATCTCGATGAACCTGGTGACGTACCTCGTCGGCGACCTGCACCTCTCCAACGCCAAGTCCGCCAACATCGTCACCAACTTCATGGGCACCCTCAACCTCCTCGCCCTCGTCGGCGGCTTCCTCGCCGACGCCAAGCTCGGCCGCTACCTCACCATCGCCATCTCCGCCACCATCGCCGCCACCGGGGTGAGCTTGCTGACGGTGGACACGATGGTGCCGGGGATGCGGCCGCCGCCGTGCGCGGACGCGCGCGGCGCCGGGGCGCACCTGCGGTGCGAGCCGGCGCGCGGGGGGCAGCTGGCGATGCTGTACGCGGCGCTGTACACGGTCGCGGCGGGCGCGGGGGGGCTCAAGGCGAACGTGTCCGGGTTCGGCTCCGACCAGTTCGACGGCGGCGACCCGCGGGAGGAGCGCGCCATGGTGTTCTTCTTCAAACGCTTCTACTTCTGCATCAGCCTCGGCTCCCTCTTCGCGGTCACCGTGCTGGTGTACGTCCAGGACAACGTCGGCCGGGGCTGGGGCTACGGCGTCTCCGCCGTCGCCATGGTCCTCGCCGTCGCCGTCCTCGTCGCCGGCACGCCCAAGTACCGGTACCGCCGCCCCGAGGGGAGCCCGCTCACCGTGATCGGGCGGGTGCTGGCAACGGCGTGGAGGAAGCGCCGCCTGCCGCTCCCCGCCGACGCCGGCGAGCTCCACGGCTACCACACATCCCAGGTTGCCTACACCGA 4 1 3' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -35.7 .((((((((.((((((((...((((((.(((......)))..))))))...)))))))).)))))))) (-35.7)