mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCGACCTCTGGGTCGAGTG CTCGACCTGGGGGTCGAGTGGT GTGATGTCTTCTACTCGACCTGGGGGTCGAGTGGTCGAGTGGTGAGGTGAAGTTGTGATGTCTTCTACTCGACCTGGGGGTCGAGTGGTCTCTTGAGATCTTGAAGCTCCTACTCGACCTCTGGGTCGAGTGGTTTTGTCAT 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.0000005 100 -75.6 ((((((....((((((((((..((((((((((((((((((((.((.((.(.....).)).))..)))))))))).((((.(((((..((((....)))))))))..)))).))))))))))..))))))))))...)))))) (-75.60)