mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCGACCAGGAGGTCGAGTG CTCGACCTGGGGGTCGAGTG TGATGGAAGTACTCGACCTGGGGGTCGAGTGGTGTGATCGAGTGATGGTCGGGTGGTGGAGATGATGATACTCGACCATGGGGTCGAGTGGTGGTGTGAAGTGATAAGGCCTTCTACTCGACCAGGAGGTCGAGTGGTTTGTTA 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.0005 100 -60.72 (((..((..((((((((((...((((((((((.....((((.(.(((((((((((.............)))))))))))..).))))..(((..(((......)))..)))..))))))))))...)))))))))).))..))) (-60.72)