mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGGAACGGAGGGAGTATG TACTTCCTCCGTCCCAAAATA GATGTACTTCCTCCGTCCCAAAATATAAGGGATTATGGTTGGGTGTGTCACATCCGGTCAAAATCCCTTATATTTTGGAACGGAGGGAGTATGC GGATCCCCCGGGCTGCAGGATTCGAATTCTGATTACTGAAGGGCTATTTATTAGACTTCTGTTAGTTGTCACCAGAAAACCAATGAATAAATATATCATATATTTAATCTATATCTGAAAATGGTTCTCTCTTTTTTTTTCCTGCTATAATAATTTAAACATCTATGTTATCATGCTGCCAAGATGTAGCGGTGTGATGTACTTCCTCCGTCCCAAAATATAAGGGATTATGGTTGGGTGTGTCACATCCGGTCAAAATCCCTTATATTTTGGAACGGAGGGAGTATGCAAGTTAACTAAGCAGTTAGTTTGATTGTGATTGTATTGCCTATGAGATTCAGTATACCTGTCTTGATAATAACTAGGCTGTTTCTCAGAGATTATTAACATGATAAATGGTGTAAATTTAACTGTTCAGTGGGACGGGAGCTTTGGCCATCTTCCTGCGGAAGGCATTTCAAGTAGACATCAC 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 8e-45 osa-MIR818d 0.000001 -54.4 ...(((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((...))))))))))).))))))))))))))))).))))))))))))).. (-54.4)