mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTCTCTCTCATTCCCGATCG ATCGGGAATGAGAGAGAACAC AACGATCGGGAATGAGAGAGAACACTGCAAATTAGAGATCCAAATTCAATGGATGGAGAGTAATCGATTCAGCTTGGATCGTAATTGGTAAGAGCATTGATAAGGGGTTAATTTGCAGTGTTCTCTCTCATTCCCGATCGTT 0 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 ath-MIR5029 7e-77 -78.5 (((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((....((((.((((.((......)).)))).((((..((((....))))..)))).))))...))).))))))))))))))))))))))))))))))))))) (-78.50)