mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCGGCCTGGGGGTCGAGTGAT TACTCGACATCCAGGTAGAGTGA TGATGGTGATACTCGACATCCAGGTAGAGTGATAAGGTCGAGTAGAGGTCTGGCAATGGGATGAAGTCACTCGGCCTGGGGGTCGAGTGATGTGATCG 4 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -39.5 .(((..((.((((((((..((((((.(((((((.((..(.......)..))..((......))..))))))).))))))..)))))))).))..))). (-39.50)