mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGTCGGAGTCGTCATTTTGC AAAATGACGACTCGGACAACA CTTAGAAGAAGCAAAATGACGACTCGGACAACAATAATACAAAACTAATACTTATTGTTGTCGGAGTCGTCATTTTGCATCTTCTAAG 1 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 ath-MIR3933 7e-45 -51.54 (((((((((.(((((((((((((((.(((((((((((..............))))))))))).))))))))))))))).))))))))) (-51.54)