mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GAGAACGCGTCGTCGACGAGT TAGTCGAAAGCGCGTTGCCCAA CCGGCTAGTCGAAAGCGCGTTGCCCAAAAAATTGTGTCGGTCGGATCGCTGAGAAAAAACGAGCGCATTAAGGTAAAATATAGTCACGTTTGAGTCTTCGGGCGAGTTCGTATCGTCAGATTTGAGAACGCGTCGTCGACGAGTTAG 4 1 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -45.67 ..((((.(((((..(((((((.(.((((....(.((.(((((((((((((((((..(((((.((..................))..)))))...))))..))))).)))).)))).)).))))).))))))))..))))).)))).. (-45.67)