mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTTGGGTCATCCCATAACT TTATGGGTTGACCCAACCCA TTAAATGAGTTATGGGTTGACCCAACCCATTTAACAAAATGAGTTGGGTCATCCCATAACTCATTTAA 2 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR405 1e-24 ath-MIR405d 6e-23 -42.6 .(((((((((((((((.(((((((((.(((((....))))).))))))))).))))))))))))))). (-42.60)