mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATAGTACTAGGATACGTCATA GGATGAATTCTAGTACTACAG TCTTATCAGGTTCTCCCTCCGTCCCAAAATATTCTGAAAATTTGGATGGATGGGATGAATTCTAGTACTACAGATCTGGTCATATTTGTCTAGATTTATAGTACTAGGATACGTCATATCCAACCAAAATATCTTATATTTAGGGACAGAGAGAGTATCAAACAACT GAGGAATTCAATCCATTGGAAAACATTCCTATGAAATTAAAGTTTTCAGATGTAGCATTGCTTCAAAGTAATTTCATAGGATATAAAATTCCTCCATGATTTGGAGAAATTTTAGCATAATTAAGGTCTAACATAATGTTCACAAATACCTTTGATTAAAATTCATAGGCACCTTCTTAATTTTCTTTCTCCCTAATAAATCTAGATACATACTTTTAAATTTATTGTAATTTTCTTATCAGGTTCTCCCTCCGTCCCAAAATATTCTGAAAATTTGGATGGATGGGATGAATTCTAGTACTACAGATCTGGTCATATTTGTCTAGATTTATAGTACTAGGATACGTCATATCCAACCAAAATATCTTATATTTAGGGACAGAGAGAGTATCAAACAACTACTTTGTGC 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 7e-16 osa-MIR3981 0.0005 -60.1 ........(((.(((.(((.(((((.((((((...((...(((((.((((((.((((.((((((((((((.((((((((.((....)).)))))))).)))))))))))).)))).)))))).)))))...))..)))))).))))).))).))).)))........ (-60.1)