mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCGACCTGGAGGTCGAGT TCGACCTCGGGGTCGAGTGA GTGAAGACACTCGACCTCGGGGTCGAGTGATCTGATCGAGTGATGGTCAGGTGGTGGGGATGAAGACACTCGACCTCGGGGTCGAGTGGTGAGGTGAAGTGGTGGTGTCCTCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTCTGCTGAGGTTGTGAATCGTCTACTCGACCTGGAGGTCGAGTGGTTTTGC 1 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.000000000003 100 -98.14 (..(((.(((((((((((.(((((((((.(((((((((.....))))))))).....((((((...(((((((((((..(((((((((..((((..............)))))))))))))..))))))))))).((.((....))...)).))))))))))))))).))))))))))).)))..) (-98.14)