mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTACTCGACCAGGTGGTCGA GACCAGAGGGTCGAGTAAAT TACTCGACCAGAGGGTCGAGTAAATTGGTAGAGTGAATGGTCGAGTGATGGTGATGGTGGCGCGAAGTGATACTCGACCAGGGGGTCGAGTAGTGTCATCGAGTAGCCTTAGCTGAGGGTACTCGACCAGGTGGTCGAGTA 4 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -64.61 ((((((((((...(((((((((..(..((.(((...((.(((....))).))..(((((((((.......(((((((((....))))))))))))))))))......))).))..)...)))))))))...)))))))))) (-64.61)