mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATCCGGGACTAAAGATCGCT CGATCTTTAGTCCCGGATTGG GTAGGCCTTCCAGGCCAGTCGAGACGACGCGACCTGCGAGTGGAGCATCAAGAAATCGAACGTCAGTTACAAGAGATGCAGCAACTGGAACGCGAGCGTCAGCAACTGGAGCAACAAGAAATCGAACGTCAGTTACCCTCGCGTCAGCAACTGGAGCAACAAGAAATCAAACGTCAGTTACAAGACATGGAACGCGAGCGTCAGCTACACCGGTGGAGAAACTTTGTAACCGGTGGAGAAACTTTGTAACCCCCCTTTAGTCCCGGTTTCCAAACCGGGACTACCAATCCGGGACTAAAGATCGCTATCTTTAGTCCCGGGTGAAATAACCGGGACTAAAGATAGCGATCTTTAGTCCCGGATTGGTAGTCCCGGTTTGGAAACCGGGACTAAAGGGGGGTTACAAAGTTTCTCCACCGGTTACAAAGTTTCTCCACCGGTGTAGCTGACGCTCGCGTTCCATGTCTTGTAACTGACGTTTGATTTCTTGTTGCTCCAGTTGCTGACGCGAGGGTAACTGACGTTCGATTTCTTGTTGCTCCAGTTGCTGACGCTCGCGTTCCAGTTGCTGCATCTCTTGTAACTGACGTTCGATTTCTTGATGCTCCACTCGCAGGTCGCGTCGTCTCGACTGGCCTGGAAGGCCTA GTAGGCCTTCCAGGCCAGTCGAGACGACGCGACCTGCGAGTGGAGCATCAAGAAATCGAACGTCAGTTACAAGAGATGCAGCAACTGGAACGCGAGCGTCAGCAACTGGAGCAACAAGAAATCGAACGTCAGTTACCCTCGCGTCAGCAACTGGAGCAACAAGAAATCAAACGTCAGTTACAAGACATGGAACGCGAGCGTCAGCTACACCGGTGGAGAAACTTTGTAACCGGTGGAGAAACTTTGTAACCCCCCTTTAGTCCCGGTTTCCAAACCGGGACTACCAATCCGGGACTAAAGATCGCTATCTTTAGTCCCGGGTGAAATAACCGGGACTAAAGATAGCGATCTTTAGTCCCGGATTGGTAGTCCCGGTTTGGAAACCGGGACTAAAGGGGGGTTACAAAGTTTCTCCACCGGTTACAAAGTTTCTCCACCGGTGTAGCTGACGCTCGCGTTCCATGTCTTGTAACTGACGTTTGATTTCTTGTTGCTCCAGTTGCTGACGCGAGGGTAACTGACGTTCGATTTCTTGTTGCTCCAGTTGCTGACGCTCGCGTTCCAGTTGCTGCATCTCTTGTAACTGACGTTCGATTTCTTGATGCTCCACTCGCAGGTCGCGTCGTCTCGACTGGCCTGGAAGGCCTAC 0 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -618.8 .(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.........))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))) (-618.8)