mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGGGTGAATCCATTCATTGA AATGAAAGAGGTTCACCCCTAG AGAGGGGGTTAATGAAAGAGGTTCACCCCTAGGGGGTGAATCTATTCATTCACCCCTTTGAACAATTCTTGGGTTCACCCCCTAGGGGGTGAATCCATTCATTGACCCCTTTT 2 1 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -68.6 ((((((((((((((((.(.(((((((((((((((((((((((((....((((......)))).......))))))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))) (-68.60)