mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATGCTGCATCGGCAATCAAC TGTTGGCTGCTGTGGCATCATC GGTCGTTGTTGGCTGCTGTGGCATCATCAAGATTCACATCTGTTGATGGACGGTGGTGATTCACTCTCCACAAAGTTCTCTATGAAAATGAGAATCTTGATGATGCTGCATCGGCAATCAACGACT 6 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd mir-172 4e-60 aly-MIR172a 5e-56 -61.8 ((((((((...((((.((..(((((((((((((((.(((...(((.((((.(((((....))))).)))))))..(((.....))).))).)))))))))))))))..)).))))...)))))))) (-61.80)