mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACGTTGCCGCAGCCGCTGT AGCGGCTGCGGTTGCGGCAG GCGGCAGCGGCTGCGGTTGCGGCAGCGGCAACGGTAACACTGCCGCAGGTTGTTGTTCGTTTCGTCGCCGCCAACGTTGCCGCAGCCGCTGTCGC 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 ath-MIR404 0.0000000000003 -60.7 (((((((((((((((((.(((...(((((.((((.(((((.(((...))).).))))....)))).)))))...))).))))))))))))))))) (-60.70)