mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGCCAAAGGAGATTTGC GAATACTCCTATGGCAGATCG GGATTACTGGGCGAATACTCCTATGGCAGATCGCATTGGCTAGATATGCAAGTAAAATGCTTCTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCCGCAATTC 2 1 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd mir-399 5e-46 ath-MIR399d 3e-47 -41 (((((.(.((((((((.(((((.(((((((..(((((.((.......))......)))))...))))))).))))))))))))).).))))) (-41.00)