mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGGATCAAGATGGGGATGA ATTCCCTGAGTTGATCCTCATT GTTCTTACTCATTCCCTGAGTTGATCCTCATTGGTTGGAAATTAGCAGGTGCAGGGACTCCATTAACCACATGGCAGCTTGACATTCCACAGCTCATAGGATCAAGATGGGGATGACCTTGAGC 3 2 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -38.4 ((((....((((((((....((((((((.((.((((((((.....(((((((..((..........)).....))).))))...)))))..))).))))))))))...))))))))....)))) (-38.40)