mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCCCTCCGTCCCATAATAT ATTTCGGGACGTAGGGAGTAT ATGATAGTAATTCCTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAAGGATTTTAAGTTTTTGCCTACAACATTTGACCACTCGTCTTATTCAAAAAATTTTAAAATTATTAATTATTTTATTTGTGACTTACTTTATTATCTACAGTATTTTAAGCACAACTTTCCGTTTTTTGTATTTACAAAAAAAATTTGAATAGGACGAGTGATCAAATGTTGCAAGCAAAAATTGAAAATCCCTTATATTTCGGGACGTAGGGAGTATGTTGCAGATAAC ACCGATCATCATATTTGCAAACCACCGAATCAGTGGTGTACACAAATAAAAGGTGACTAATGTAGTAATATTTATAATAATGATGATATAATCTGCTGGTTCAAACATGAAAAAGACCTGATTATGGACATTGTCTTTCCGTTCTTTACATGGTACATATATTACTCAACTCACAAAAGACTAATGCTCTGTGCAGATTATAAAAGCTCTTCTGGAGGAAGAACAATTAATTATTCTTGATGAGTTAGTGCGTCTGAACAATCTTAACATCGACGTACATTTATGATAGTAATTCCTACTCCCTCCGTCCCATAATATAAAGGATTTTAAGTTTTTGCCTACAACATTTGACCACTCGTCTTATTCAAAAAATTTTAAAATTATTAATTATTTTATTTGTGACTTACTTTATTATCTACAGTATTTTAAGCACAACTTTCCGTTTTTTGTATTTACAAAAAAAATTTGAATAGGACGAGTGATCAAATGTTGCAAGCAAAAATTGAAAATCCCTTATATTTCGGGACGTAGGGAGTATGTTGCAGATAACT 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 2e-17 osa-MIR818e 0.00000000006 -93.2 ......(((((...((((((((.((((((..(((((((.(((((((.(((((((((...((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((.....))))..)))))..(((((.((((...((((......))))...))))))))).......((((((((....))))))))...)))))))))))))))).))))))))))...))))))))).))))))).)))))))..)))))).)))))))).)))))....... (-93.2)