mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGATGATGCTGCAGCTGCA CTGTTGGAGCATCATCAAGA GCTACTGTTCGCTGTTGGAGCATCATCAAGATTCACAAATCATCAAGTATTCGTGTAAATAAACCCATTTATGATTAGATTTTTGATGTATGTATGAGAATCTTGATGATGCTGCAGCTGCAATCAGTGGC 3 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd mir-172 2e-64 ath-MIR172c 2e-70 -55.5 (((((((...((.((((.((((((((((((((((.((.(((((((((...((.(((((((......)))))))....))..))))))).))...)).)))))))))))))))).)))).))...))))))) (-55.50)