mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACTCGAACCCGAACCTGAA CAGGTATTTTGGGTTCGAGTTTT TCGGGTTTGGGTCAGGTATTTTGGGTTCGAGTTTTTCGGGTTTAGAAATTTAAGACCCGTTCTATATATAAATAAACCCAAACTCGAACCCGAACCTGAACCGAATCCGA 1 3 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -53.33 ((((((((((.((((((...((((((((((((((...(((((((........(((.....))).........))))))))))))))))))))))))))).)))))))))) (-53.33)