mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTACTCGACCAGGGGGTTGAGTG CTCGACCATGGGATTGAGTGGATG TGATGATACTCGACCATGGGATTGAGTGGATGTGATCGAGTGACTCTCATGGTGGTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTGACGTGAAGTGATGAGGTCTTCTACTCGACCAGGGGGTTGAGTGGTTTGTTA 3 2 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.000002 100 -60.2 ......(((((((((...((.(((((((((...((((..((.(((.(((((..(.(((((((((....))))))))).)..)))))))).))..)))).)))))))))))....)))))))))........ (-60.20)