mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCGACCAGGGGGTCGAGT TCGACCAGGGGGTCGAGTGGT GACGGGATGATACTCGACCAGGGGGTCGAGTAATGTGATCGAGTGGTAGTCCTGGTCGTACTCGACCATGTGGGTCAAGTTGTGACGTGGAGTGCTGAGGTCTTCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTCTGTT 4 0 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -62.5 ((((((....(((((((((....(((((((((....((((...(((((.(((..(((..(((.((((.....)))).)))...)))..))).))))).))))...)))))))))....))))))))).)))))) (-62.50)