mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACTCGACTAAGGGGTCGAGTGGT ACTCGACCTCGAGGTCGAGTGAT AGACACTCGACCTCGAGGTCGAGTGATGTGATCGAGTGACGGTCAGGTGGTGGAGGTGAATATACTCGACCAGGGGGTCGAGGGGTGAGATGAAGTTGTGAAGTCCCCTACTCGACTAAGGGGTCGAGTGGTCT 3 1 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 3e-45 100 -57.5 ((((((((((((((..((((((((.((.((((((.....)))))).))((.(((..........(((((((....)))))))..(..(.......)..)....))))).))))))))..)))))))))).)))) (-57.50)