mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATGCTAGCCGTGAAGGAGAAAA TTCTCCTTCACGGCTAGCATCATT AGGAAAGTCCTTTTCTCCTTCACGGCTAGCATCATTTGTAGACTTGCTTTTGGACAAAACTTCCACCAATGCGATTTTGTTGATGCTAGCCGTGAAGGAGAAAAAGACTTTCCT 0 0 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -65.1 (((((((((.((((((((((((((((((((((((....((((.((((...((((.......)))).....)))).)))).)))))))))))))))))))))))).))))))))) (-65.10)