mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGATGCTGCTGCTGTGGTGG TGATGGCAGCGTGCGTTGAGC TTCGTGTTGGCGTTTGTGTTCCTGATGGCAGCGTGCGTTGAGCTGGGGGATGCTGCTGCTGTGGTGGATGTGTACAGAATAATACA GAATGATACAAATTTAATGCAGTAGACAAACCCAAGAAACGACCAAACCAAACAGTCTTTCATATTCATTTCAAGTCCGCAAAAATATTTTCACAGCAAATATAACAGCAGAACTTGGGTTATAGAGCAGGGCAACAGTTTAAATATTCAGATTTACGCTATTTTGAGTTCTGCACTCTTCAATCATTCGCTCTCGCTAGTCTATCGTGGTTGTTGATTTTTTTTCGAGGCAAAAATTTGGTGAAATTGAGCTATTTTGCTGATCTTTTTAGATAGTCGAAAGTACGATGCAGGAGAACTAAGAATTTTTTTTCTATAGAAGAAAGTGGCAGTTTATTTATATTGAATCGTGTGGAGTAGAGAGTGGAGGGTTATTTAAGGATGGCTTTGCAGAAGAGTGGGGAAAGAGTAATGGTGGAGTCGATACAGTTCGTGTTGGCGTTTGTGTTCCTGATGGCAGCGTGCGTTGAGCTGGGGGATGCTGCTGCTGTGGTGGATGTGTACAGAATAATACAATATGATCTGGGAGGTATTCCCTTCGGCTCTCGTCGTGCCGGTGTCAATCATCACGCTGGATCGATGCTGTTTGCTCCCGGGACGGATCTCTCGCGTACTGTGGTCATAATGCCTCTTAGAGAACTCAACCTCACTTTTCTCAATGACTATCTGGTGAACAAGAACCTTCTAGGAGGTCTACTGCTGTTACTTCCTGGAAAACCTGCAGGCATGAAAGGCAAAGAAAGTGAGAGAGATGATGCA 4 2 3' arm Cryptomeria_japonica mirnest 100 100 -28.4 ...((((((...((((((.(((..(((((((((.(((((.........))))))))))))))...)))....)))))).)))))). (-28.4)