mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAGGTTATAAGACTTTCTAG AGAAAGTCTTATAATATGAAA TGTACCATTCTAAAATATTACTACCTCCGTTTCAGGTTATAAGACTTTCTAGGCACACATATATGTATAGACTCATTAACATATATATATAAATATGGGCAATAATAGAAAGTCTTATAATATGAAACGGAGGAAGTATCTATATTACAAGGAAG GCTGCAGGCAGGATATCAGTTCAGTTAGAAATGATGTTAGTTACTGCACAATAGTAGTTCACTGATCAATCCATCACGTTATTTGCCAAATGGTGACAAGCACACTGATCTCTTTATTTTGTAGGGTAGTGCTAAGCGCAAGGAACCATTAAATTAACTTATACTACTGGAATGCAATTCTAAACATATATGGGTCTGATCACTTAGTCAAATATGATCAAGGATTAAGTAGGAAGATTTGTGGTTTCTGTGTTGCTTATGGAATATGTAACCACATTCTGTTGTTGTACGACTTAGCTAAATCCATACGAAGAAATGATGCTGATATATGTCTCCCATGTATGGTTCACTTGTTTTTAAAGGCAGTGTGGTAGTAATTGTACATTCGTACTGTCATAAACTCGTCATCTATATTTGCTTTCATTTTTTTTGTACCATTCTAAAATATTACTACCTCCGTTTCAGGTTATAAGACTTTCTAGGCACACATATATGTATAGACTCATTAACATATATATATAAATATGGGCAATAATAGAAAGTCTTATAATATGAAACGGAGGAAGTATCTATATTACAAGGAAGAGAGGATATGTATGGAATGAGAACCGCAAAATGTTAAGTCTTCTTGTGATCGATCAGGGCTGAAAGTTAGTGGTGAAGCAAATTTGACTGCTGCTTTAGAGGTTGCCGAACTGGCACTGAGAAATCATGCCGACAAAACACTGAGCCAGAGGATAGTTGTTTTTGTTGGCAGGTATAGCAGAGTACATTATGCTCATGTGAATACAACCAAGTACATTTTCAGATCGGGTTGCTAGCTAGTGCCATGGAGG 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.000000009 osa-MIR819i 0.0000000000005 -52.7 ....((.((.(((.(((.((((.(((((((((((.((((((((((((((((.((...(((((.((((((................)))))).))))).)).....)))))))))))))))).))))))))))).))))..))).))).))))... (-52.7)