mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAGGTTATAAGACTTTCTAA AAAAAGTCTTATAATATGAAA GCACACGATCTACTATACTTTTGATACGTACTACCTCCGTTCCAGGTTATAAGACTTTCTAATATTATCCACATTCATATATATGTTAATGAATCTAGGCATATATATGTGGGTAATGCTAAAAAGTCTTATAATATGAAACGGATGAAGTATTTGCGAGGTTGTAAATTTAGCTCTAG GCGCTCGGCGCCGTTCCCGGTCCCGGTCACGGACCTGGTCGCCTGGGAGCTGGAGCACGACCTCGCCGCCGGCGAGCTGAGCGTGGACGTTGAGGTGACCACGGGCGTCCGGTTCATAGTCGGCGGCGTCGCCTCCAGGTACTACCAAGTCAATGTGACCTGCTCGCCGGTGAACATCGGCTTGTCGCCGTCGGCGGCGCGGTCCTTCAACAGCGTGCCGTGCGACGTCGAGATCTCGTGAGGCAACCAAATGCATGCATGTTTCCGTGTCCGACCAAAGTGATCGTTTAGTTTGGATTGGATTTGTTTATATTTTACAGCACACGATCTACTATACTTTTGATACGTACTACCTCCGTTCCAGGTTATAAGACTTTCTAATATTATCCACATTCATATATATGTTAATGAATCTAGGCATATATATGTGGGTAATGCTAAAAAGTCTTATAATATGAAACGGATGAAGTATTTGCGAGGTTGTAAATTTAGCTCTAGTTGGAGTGGCCTTCTTTTCTTCATCATCTCTTTTAGGGGATTATTTATTTATTTATTACGCGATATGCCATTATATTGTGCTGTGATTTTACATGTTTGACA 4 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 9e-31 osa-MIR819h 3e-27 -51.2 ......(((.(((...(((((...((.(((((...((((((.((.(((((((((((((.((.(((((((((((....((((((((((..........))))))))))))))))))))).)).))))))))))))).)).))))))...))))).)).))))).))).)))......... (-51.2)