mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCTATCTATCCTGAGCTCCA AAGCTCAGGAGGGATAGCGCC AGGGTATGGAACAATCCTTGAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCTCGAAATCAAACTAGGCGCTATCTATCCTGAGCTCCATGGTTTGTTCTTACCAC GGAGATGTTTTGAGGAAGGGTATGGAACAATCCTTGAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCTCGAAATCAAACTAGGCGCTATCTATCCTGAGCTCCATGGTTTGTTCTTACCACACGACCAATTAAATCTGCAGTCTCCACGCACACCTCTGAAGTTTTCATTGCTTGCCACAGTTCAGTACCGAAAGGTGAGCTATTTGCATATAGCTGTCTGTTCTACTCTGTCCATGAGATGGGCATGCACTCTATAGCTAGCTTAGCTTGATTACCTCTTTGCTTTTCTTGCACCTGGTCATGCCATGGTGCTAACTATAGCTTTTGCTTCTTCTGACTTCTCTTGGTTAGTTTACTGTATACTCCATGCATCTATGTGCATGAAACCATGCATGTATAAATGTATTCATTCATGAACCAGCATGCATGCATGTCGTTGATTGATAGGTTATGGGCATGGCCTTAACTTGCTACCCTACAAGAACGAAGTAAATGCTGACCTAACCAATTCATGAGCATGTTCCATGATAATGCAAAATATCAATAATCCTGCAGTCTGCCAAAGACCACACAAGCCATTCCCTCCATATCTACCTCTAATAAACCTTGGAGAAATACTTCTTTTGAACTCTTTTTTCATAAGTTAGATTTCAAAATAATGCGCACATAAATTTTTTATATATACATTATNAACACAGACGCTAAACCACATACTTTTATTATTATTGTTGGTGGTGGTGGGGGGGGTTGTTCNCTGGGTTGCGGGATTGGCTGGGCAACTTTGCGGGCTGGTTCAGTTCTGCAANAGGGGNCCCCATTATTCAATTGANTGCAGGGAAGGGCAACTNCANTGATGGGNGNATGCNGATGGAACCANCGNGCTACCCAGGN 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR390 3e-41 osa-MIR390 1e-46 -49.9 ..((((.(((((((.((.((.(((((((((.(((((((((((............))))))))))).))))))))).)).)).))))))))))).. (-49.9)