mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGCAAGTCATCCTTGGCTGC AGCCGAAGGACAACTTGCCAGA AGAGCAAAATGTAGCCGAAGGACAACTTGCCAGAAATATGTTCATCACATAATTAATCATCACATTATTCATATGCATGGTTAACAACGTTCCGGCAAGTCATCCTTGGCTGCATTATACTCT 3 1 3' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR169_2 2e-64 ath-MIR169b 1e-65 -43.3 ((((...(((((((((.(((((..(((((((.(((...((((.((((((((..((((......))))....))))..)))).))))...))).)))))))..))))))))))))))...)))) (-43.30)