mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGTGCTACCAATCGGGACTAA AATTCCGGTTTATAATACCAA GTTTTTTCGGATTTGTAGTCCCAGTTGGTGCTACCAATCGGGACTAAAGTGATGATATTTAATTCCGGTTTATAATACCAATCGGGACTAAAGATCCTTGGGGC GCGCACACGTGCGACCCGGCGTGTTTTTTCGGATTTGTAGTCCCAGTTGGTGCTACCAATCGGGACTAAAGTGATGATATTTAATTCCGGTTTATAATACCAATCGGGACTAAAGATCCTTGGGGCCTGACACGGCCTATCAACTTTTTGAAGCGGGACAAAAAAAATGATCTTACCAACCAGGACTAAATGATTGTATTTACGGTTAATGATGGTCGTGGTGGTGCGTATGTGATAGAAAAAAAATCGAAGTACATGGAGCAGAGCCAACTAAGATTTTATTCGCAAGGGGATGGATATAAGAAGGAAACACCAGCTTTGCTGAGTGGGACATCATTTATCTTCCCAGAGACCAAGGGAGGCGAGGAATTCACGATCTTGGGATTAAGGTTATTGCTTTGCTTAGCAAGTGGTTACTTACCAGTTACCACCGATGAAATGTGGCAATAGTTGCTACGCAATAAATATTTGGGATCAATCTATC 4 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -36.6 ........((((((.(((((((.(((((((.((..((((((((.((((.........)))).))))))))..)).))))))).))))))).))))))....... (-36.6)