mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCAGGCACCATTCCACACTGA AGCATGGTTGGGTGTGCAG AGAAGGTGTTTTTGCACAACCTTTTTGATAATGGCAGCACTTAGCATGGTTGGGTGTGCAGTTGCAGGTGTTCTTGTCTACAGAACAAGGCAATTCTATAAGCAGGATATCTATCGCAAGTTCAATTCTGAAAGTAAAGAAGATAATAAAGGTTGAGATTCGCAGGCACCATTCCACACTGAAACTTCCACTACAACAAGCAAGAGCACCTAATAATATGT TCTATGACAGACGTGCAAAAGCAGAAAATGTGGGGAAGAATAATACCCTAGATGACCTAATGTGTGTTGGGAGAAGGTGTTTTTGCACAACCTTTTTGATAATGGCAGCACTTAGCATGGTTGGGTGTGCAGTTGCAGGTGTTCTTGTCTACAGAACAAGGCAATTCTATAAGCAGGATATCTATCGCAAGTTCAATTCTGAAAGTAAAGAAGATAATAAAGGTTGAGATTCGCAGGCACCATTCCACACTGAAACTTCCACTACAACAAGCAAGAGCACCTAATAATATGTACCCCACTCAACAATTAGAACTAAAATAGCTCTTCTTTTCACTTGTGAAAATAACAAACTCCTCGGTATGAGTGGCTTAAAATGCCATTGAAATGTGCTTTATATTTCAGAAATGGTTAAAATTAAAATGGTACGTTTTGCATTTTTCTTTTTC 4 2 3' arm Cryptomeria_japonica mirnest 100 100 -47.6 ...((((((((((((......((.(((.((.(((.((...((((..(((.(((((.(((.(((((...((((((.......))))))..)))))(((...(((....(((((.((.....((((....))))......)))))))......))).)))...))).)).)))..)))..))))..)).))).))))).)))))))))))))).......... (-47.6)