mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATTCGTAGTACTAGGATN TTATAGTACAACGAATGTGGA TATGGTGTACTCCCTCCGTCCGAAAAGTGAATCTAGCCTCTGTATGTGACACATTATAGTACAACGAATGTGGATAGAAATATGTGTAGATTCGTAGTACTAGGATNTGTCGCATCGAGTNTTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTGGTAATTGCT TCGAGGCCGTCGCGGAACGCTAGGCATTCGGTGTCGTGGTGGACCATGTGTCCTTGTTGTTCCTCCTCTCGGTCTTGGGACAAGTACACGCTGTACGCGGCGACGCCATGGATATGGTGTACTCCCTCCGTCCGAAAAGTGAATCTAGCCTCTGTATGTGACACATTATAGTACAACGAATGTGGATAGAAATATGTGTAGATTCGTAGTACTAGGATNTGTCGCATCGAGTNTTGGTTTTTTATGGGACGGAGGGAGTGGTAATTGCTGGCGAAATCATCATCATCTTCTGGTTAATCTTGAGCCCTAACAGTTGATCTACTTAGTGTGATGGCTTGGTTATTATTAGGGATAGGTTTTGTAAAATTTGTGGTGGCAATATAAAGGAGAATTAATGTATGTTTCAAAC 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 7e-19 100 -60.4 .......((((((((((((((.....(((((.((((.(((...((((((((.(((.((((((.((((((.((.(((......))).)).)))))).)))))).))).)))))))).)))..))))...))))).))))))))))))))......... (-60.4)