mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCAACGTTTGACTATCCGTCT ACAGGACGGTTAAACGATGGAC CTCCATCAAAAAAAAAAAAGACAAACCCTATGTTTTTGTGGCCAACGTTTGACTATCCGTCTTATATGAAATTTTTTTATAATTAGTATTTTCATTGCTGTTAGATGATAAAACATAATTAATACTTTATGCGTGACTTATCTTTTTAAATTTTTTCACAAATTTTTCAAATAAGACAGGACGGTTAAACGATGGACACGGAAACTAGGGTTTTTTTTTTTTTTG ACATGGCATGCTTTCACGATCTTCAGAGCTTGGTGGCATCAGAGCTTTGCTCCCTGCTCAAAAACGTTTTCAGCATGGGCACGAACAAAGTTACCGCACTTTCGGGTACAACGTCGATAGAATTTGTGAATCATGGGCGTGTTAAGAACCTACATGCTGCATTATCTTAAAGAAATCGAAAGCGACAACACCTGGCGGCTTGGTGCCGAGAAGCTGGCAGGAAGGCTCTTCACATTTGTTCACCTTGATTGATGTAGTATTCTTTCTTTGCTCACTAACAAAAATAATTATACATTCATTAGTGGAGTCAATTCTCATATTGATTCTTTTTCTTTGATTGATATGGAGTCGTGGCCATCTCGGCGACGGCACATTTGACATGCATGATGCATGCGTTGTACTGGTGCTGTACTCGCTCCATCAAAAAAAAAAAAGACAAACCCTATGTTTTTGTGGCCAACGTTTGACTATCCGTCTTATATGAAATTTTTTTATAATTAGTATTTTCATTGCTGTTAGATGATAAAACATAATTAATACTTTATGCGTGACTTATCTTTTTAAATTTTTTCACAAATTTTTCAAATAAGACAGGACGGTTAAACGATGGACACGGAAACTAGGGTTTTTTTTTTTTTTG 2 1 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR812 2e-32 osa-MIR812o 0.00000000000005 -62.4 ...........((((((((((.((((((((.(((((((((.(((.(((((((((.((((((((((.(((((..((..(((((..((((((...((((.((((.........)))))))).))))))))))).((((...................)))).))..))))).))))))).))).))))))))).))).))))))))))))))))).)))))))))). (-62.4)