mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTCCTGAGTACTCTCTTCCA GGGGAGGGCTCAGGAAGT GGATTTGTCCTGAGTACTCTCTTCCAAGTTTATTCACACAGTGGACTGTGTGATTTAAGTTTGGGGGAGGGCTCAGGAAGTGTGT 1 2 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.000001 100 -41.7 .......(((((((..(((((((((((..(((.((((((((....))))))))..)))..))))))))))))))))))....... (-41.70)