mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACTCGACCAGGTGGTCGAGTGA ACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTC AGACACTCGACCAGGTGGTCGAGTGAAGTGATCGAATGACTCTCGTGGTGGTACTCGGCCAGAGGGTCGAGTGATGAGGCGAAGTGGTGAAGTCCTATACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTCT 4 1 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.0000001 100 -62.4 ((((((((((((...((((((((((.((.(((...((.(((.((((..(..(((((((((....)))))))))..)..))))))).))...))))).))))))))))...)))))))).)))) (-62.40)