mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCACCCCT GGATGAACTTGAGAACACACG GAAAGGCAGGGATGAAGCCAACAGGGATGAACTTGAGAACACACGGCCATCATATAGCATGATTGCACACAGAAATTGTGTGTGCATAATGTGTTATTTGATTAGGCATGTGTTCTCAGGTCACCCCTGTTGGAGATATTTGCTAATCAAACCACCAA GAAAGGCAGGGATGAAGCCAACAGGGATGAACTTGAGAACACACGGCCATCATATAGCATGATTGCACACAGAAATTGTGTGTGCATAATGTGTTATTTGATTAGGCATGTGTTCTCAGGTCACCCCTGTTGGAGATATTTGCTAATCAAACCACCAAGACACAAAACAGTTTTCAGTAATCTGTCAAATGGGTATTTGCTAATAAAGGCCGAGTAAGAGCTTTAGGTTATTATTTCATGCAAAAGAGTTTTTCAAGTGAAATATATATATATTGTATATTGAGATTTTTTTGTTGTTGAAGGTTTAGGCATGAAGCTCTCGAGCACTTCAGTCCAGTGAGGGTCTTAACAGAGTTTTTGCCAACCACTATGGGGTACGAGTCTGTAGGCTGAAATCTCTTCAGCTAAGAGTGAAGGATTGAGGGACATCCATTCCATCAAATTTGCTCGGAGCATGATCCC 1 1 3' arm Cryptomeria_japonica mirnest MIR398 0.0001 bdi-MIR398c 0.000008 -67.5 ....((((((.......(((((((((.(((.((((((((((((..(((((((.((((((((..((((((((.......))))))))...)))))))).))))..))).))))))))))))))).))))))))).....)))))).............. (-67.5)