mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAGCACCAGCTCGAAGAAGCTTAG ATGCTTCTCAAGAAGGTGCATGAA TCGACTCGTTCAAGCACCAGCTCGAAGAAGCTTAGCTAATTTATCTTAGAAAATAATGAAAAAGCTATGCTTCTCAAGAAGGTGCATGAACAAGTTGA 5 1 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 ath-MIR825 8e-51 -38.4 ((((((.(((((.(((((..((.((.(((((.(((((..(((((..(.....)..)))))..))))).))))))).))..))))).))))).)))))) (-38.40)