mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCGACCCCCAGGTCGAGCA CTCGACCCCCAGGTCGAGTGC GAGACCACTCGACCCCCAGGTCGAGCATAGGACATCACCACTTCACTTCACCACTCGACCTCTTCACTCCACCTGGAAGTCGAGTATCTTCTGACACCACTCGATCACCTCGCTCGACCCCCAGGTCGAGTGCTTTC 5 0 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -49.4 ((((.(((((((((....((((((((..(((..(((................(((((((.(((...........))).))))))).((....))........)))..))).))))))))....))))))))).)))) (-49.40)