mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAGGAGGAGTACGATACGA AGCTGCTCCTCTTCTAC GGATAGGGAGGAGGAGTACGATACGAGCATGTATCATTTCAGTGAGCATGTACCTCCAGCGAGGGAGAGCAAGAGCTTGAGCGAAGCTCACAGAAACAACAGCAAGTTGCAGAAGTGGTGCAAGAAACAAGATAGGCTACTCATCAAGTGCTTCAAGGCCATCAAGTTTCTGACTGACAAGCTAAGCTGCTCCTCTTCTACC 5 1 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 3e-111 ath-MIR854e 2e-81 -68.37 ......((((((((((((.(.....(((..((((((((((.((((((.....((((....))))..((((....)))).......)))))).....((((.....))))..)))))))))).((((((..(((.((((..................)))))))..)))))).........)))...)))))))))))))... (-68.37)