mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCTGTGGCATCATCAAGATTCA AATCTTGATGATGCTGCATCGG GTTGTTGGCTGCTGTGGCATCATCAAGATTCACATCTGTTGATGGACGGTGGTGATTCACTCTCCACAAAGTTCTCTATGAAAATGAGAATCTTGATGATGCTGCATCGGCAATCAACGAC 4 0 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd mir-172 3e-60 aly-MIR172a 7e-55 -55.1 (((((((((((.((..(((((((((((((((.(((...(((.((((.(((((....))))).)))))))..(((.....))).))).)))))))))))))))..)).))))...))))))) (-55.10)