mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGTGGTGATGTCTTCTACTCGACCT GTCGAGTGGTTTGTCATGATCAGGTCC TGGTGAGGTGAAGTGGTGATGTCTTCTACTCGACCTGGGGGTCGAGTGGTCTCTTGAGATCTTGAAGCTCCTACTCGACCTCTGGGTCGAGTGGTTTGTCATGATCAGGTCCGCTTCTTCCA 7 1 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -62.8 .((.(((((((..((((.(((.(..((((((((((..((((((((((((...(((.((...)).)))...))))))))))))..))))))))))...).))).))))..).))))))..)). (-62.80)