mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGT CTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTG TGAGGTCGTCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTGGTGAGAAGAGGTGATGCCATCTACTCGACCAGGGGGTCGAGTGGTGATCCA 4 1 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd MIR854 0.0003 100 -46.92 .(.(((((.((((((((((....((((((((((((((.............)))).))))))))))....)))))))))))))))). (-46.92)