mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGTTTGAACCTAACGAGC TCGTTAGGTTTGAACACTAG CGACGAACCTAGTGTTTGAACCTAACGAGCAGTACTTTGTTCCTAACCCTTCTGAGACCGTGTTAGATTAGTAGACAAGTGACAGTCTAACACTAGGTAACAAGGTACTGCTCGTTAGGTTTGAACACTAGGTTCGTCG 2 0 5' arm Arabidopsis_thaliana pmrd 100 100 -85.5 ((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((...((....))...((((((((((.((.........)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))..)))))))))))))))) (-85.50)